Các gói thầu thiết bị mua sắm không có bảng báo giá, phê duyệt giá dự toán nhưng không tiến hành thẩm định giá, đấu thầu các gói thầu mua thiết bị không minh bạch, sử dụng kinh phí có nhiều sai phạm, chưa tiết kiệm ngân sách, chất lượng công tác khảo sát lập dự án chuẩn bị đầu tư chưa tốt, xác định địa điểm và quy mô xây dựng không phù hợp, thiết kế kỹ thuật và tổng dự toán không được thẩm định theo đúng quy định”.

“Các gói thầu thiết bị mua sắm không có bảng báo giá, phê duyệt giá dự toán nhưng không tiến hành thẩm định giá, đấu thầu các gói thầu mua thiết bị không minh bạch, sử dụng kinh phí có nhiều sai phạm, chưa tiết kiệm ngân sách, chất lượng công tác khảo sát lập dự án chuẩn bị đầu tư chưa tốt, xác định địa điểm và quy mô xây dựng không phù hợp, thiết kế kỹ thuật và tổng dự toán không được thẩm định theo đúng quy định”. Đó là những sai phạm được Thanh tra Chính phủ phát hiện và chỉ rõ qua thanh tra tại 3 phòng thí nghiệm trọng điểm là Phòng thí nghiệm vật liệu polymer và composite, Phòng thí nghiệm bể thử mô hình tàu thủy, Phòng thí nghiệm công nghệ tế bào động vật.

Dự án phòng thí nghiệm vật liệu polymer và composite có tổng mức đầu tư 64,65 tỉ đồng do Trường Đại học Bách khoa TP.Hồ Chí Minh (Đại học Quốc gia TP.HCM) chủ trì xây dựng. Qua thanh tra dự án, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện, tại gói thầu thiết bị mua sắm trong năm 2004, 2005 và các gói 03, 04 năm 2007 có trên 20 tỉ đồng được chi nhưng không có bảng báo giá của nhà cung cấp. Ngoài ra, việc quản lý và sử dụng thiết bị là chưa hiệu quả gây, lãng phí. Cụ thể, 22 thiết bị được mua với giá gần 25 tỉ đồng chưa được đưa vào sử dụng, 38 thiết bị trị giá trên 28 tỉ đồng đã lắp đặt được đưa vào sử dụng nhưng chủ yếu lại chỉ để thử mẫu thí nghiệm phục vụ cho cán bộ làm đề tài nghiên cứu khoa học và sinh viên thực tập. Kết luận thanh tra đã nêu rõ: Sai phạm trên là do Ban quản lý dự án, từ khâu phê duyệt giá dự toán không tiến hành thẩm định giá, không minh bạch trong quá trình đấu thầu và mua sắm thiết bị.

Tại Dự án xây dựng phòng thí nghiệm trọng điểm bể thử mô hình tàu thủy có tổng mức đầu tư xây dựng gần 170 tỉ đồng do Viện Khoa học công nghệ tàu thủy thuộc Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam (Vinashin) chủ trì xây dựng. Thanh tra Chính phủ đã phát hiện: chất lượng công tác khảo sát lập dự án chuẩn bị đầu tư chưa tốt, xác định địa điểm và quy mô xây dựng không phù hợp; việc thiết kế kỹ thuật và tổng dự toán không được thẩm định theo đúng quy định. Cụ thể, các hạng mục đã đầu tư nhưng không di chuyển được đến địa điểm mới trên 1,6 tỉ đồng, hệ thống tuy-nen sủi bọt có giá trị trên 2,6 triệu USD được mua từ năm 2004 nhưng do chưa xây dựng nhà xưởng nên đến nay chưa thể lắp đặt và đưa vào sử dụng.

Ngoài ra, tại Dự án Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ tế bào động vật do Viện Chăn nuôi thuộc Bộ Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn chủ trì xây dựng, với tổng vốn đầu tư trên 54 tỉ đồng. Thanh tra Chính phủ đã chỉ rõ trách nhiệm thuộc về ban quản lý dự án, Viện Chăn nuôi và Bộ Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn.